黒潮生物研究所では、周辺海域の生態系に関する情報の収集・発信基地として、幅広い調査・研究活動を行なっています。 また、国や県、地方公共団体や他の研究機関からの委託された研究や調査なども行っています。 また、研究成果の公表する刊行物の発行、生き物や環境に関する講演会、小学生を対象とした野外観察会やサマースクールの開催などを通じた教育啓蒙活動にも力を入れています。高知県大月町にある黒潮生物研究所では外部の研究者の受け入れなども行っており、様々な分野の研究者の方々や大学生、大学院生に利用していただける開かれた研究所を目指しています。